La grippe porcine n'a que la moitié des marqueurs génétiques précieux dans les souches de pandémie antérieures


La grippe porcine n'a que la moitié des marqueurs génétiques précieux dans les souches de pandémie antérieures

La nouvelle souche H1N1 "grippe porcine" qui se répand dans le monde et est presque au niveau d'alerte pandémique, n'a que la moitié des marqueurs génétiques clés trouvés dans les souches précédentes de pandémie, ont déclaré des chercheurs américains hier.

Jonathan Allen et Tom Slezak du Lawrence Livermore National Laboratory, un laboratoire américain du ministère de l'Énergie à Livermore, en Californie, et ses collègues, ont publié une étude dans le journal d'accès ouvert Microbiologie BMC Il y a 2 semaines décrivant comment ils ont trouvé 34 marqueurs d'acides aminés conservés provenant de souches de grippe pandémique antérieures.

Depuis, ils ont analysé les séquences du nouveau virus H1N1 et ont constaté qu'il ne représentait que la moitié des 34 marqueurs.

Cependant, Slezak a mis en garde que, bien que leur constat suggère que la souche H1N1 actuelle manque de nombreux attributs qui ont fait des épidémies antérieures mortelles, le manque de similitude avec ces souches ne signifie pas que ce ne sera pas un problème majeur.

Allen et Sleazak ont ​​également déclaré que d'autres recherches étaient nécessaires avant que nous puissions dire à quel point la nouvelle souche pourrait être dangereuse.

Dans leur étude initiale, Allen et Sleazak et ses collègues ont utilisé des principes d'ingénierie inverse pour rechercher des mutations d'acides aminés spécifiques à la classe conservées dans les pandémies passées.

Pour ce faire, ils utilisaient des «protéomes» de souches du virus de la pandémie passée: un prétome est la collection complète d'acides aminés qui est faite lorsque tous les gènes d'un organisme sont exprimés. Donc, en fait, ils ont analysé tous les éléments constitutifs des protéines que tous les gènes des souches antérieures de pandémie ont exprimé et ont cherché des motifs répétés à travers les souches.

Ils ont trouvé 34 marqueurs d'acides aminés qui étaient liés à la spécificité de l'hôte et à une forte mortalité. Certains marqueurs n'étaient que très petits, mais lorsqu'ils étaient combinés à «d'autres mutations, ils ont amélioré la prédiction de la classe», ont-ils trouvé.

"Les voies évolutives impliquant des souches humaines et porcines H1N1 mélangées à des souches aviaires montrent le potentiel d'acquisition des marqueurs pandémiques avec un double réassort et une ou deux mutations d'acides aminés", ont-ils écrit.

Les résultats peuvent avoir des implications importantes sur la façon dont les outils de surveillance pourraient suivre plus efficacement les nouvelles mutations et illustrer le «potentiel de réassurance et les événements de mutation pour conduire à de nouvelles souches de grippe», ont déclaré Allen et Sleazak.

"Les marqueurs d'acides aminés conservés des souches de pandémie de grippe passées".

Jonathan E Allen, Shea N Gardner, Elizabeth A Vitalis et Tom R Slezak.

BMC Microbiology2009, 9h77

Publié: 22 avril 2009

Doi: 10.1186 / 1471-2180-9-77

Source supplémentaire: Biomed Central.

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